Ապարանի Սուրբ Խաչ հոյակերտ եկեղեցին կառուցվել է 4-րդ դարում: Տարածքը մինչև 10-րդ դարը կոչվել է Քասաղ, իսկ եկեղեցին` Քասաղի բազիլիկ: Ապարան տեղանունն ու Ապարանի սուրբ Խաչ եկեղեցի անունը գրականություն է մտել 10-րդ դարից: Տեղանքը կոչվել Ապարան ի պատիվ Մոկք Նահանգի Միջա գավառում գտնվող Ապարանի և այնտեղ գտնվող Սուրբ Խաչ վանքի, որտեղ եղել է սուրբ խաչից մասունք: 10-րդ դարում այդ մասունքը տեղափոխվել է Ապարան: Ի պատիվ այդ իրադարձության տարածաշրջանը կոչվել է Ապարան: Իր հազարամյա պատմության ընթացքում եկեղեցին բազմիցս ավերվել է, բայց չի քանդվել:
Խորհրդային միության գոյության ողջ ընթացքում էլ եկեղեցին կորցրել է իր հիմնական գործառույթը և այստեղ շուրջ մեկ դար խունկ չի վառվել, աղոթք չի հնչել:
Անկախության զարթոնքից հետո, սակայն, ապարանցիները նորոգել են եկեղեցին: Վերակառուցման շինարարական աշխատանքները սկսվել են 1992թ.` Էդուարդ սարկավագ Ֆրանգուլյանի գլխավորությամբ: Եկեղեցու շինարարությանը մեծ էր Պարբերական` ներկայիս Տիգրան Մեծ հրատարակչության օժանդակությունը, որը 1000 օրինակով ավել տպագրեց Էդուարդ Ֆրանգուլյանի` <<Աստվածաշունչը և մենք>> գիրքը, որի վաճառքի հասույթն էլ հեղինակն ուղղեց եկեղեցու վերակառուցմանը: Վերակառուցմանը իրենց միջոցներով մասնակցել են բոլոր ապարանցիները:
