Մայր տաճարը  ամենայն հայոց կաթողիկոսության կենտրոնն է: Ագաթանգեղոսի վկայությամբ կառուցել է Գրիգոր Լուսավորիչը Տրդատ թագավորի օժանդակությամբ 302-303թթ., մայրաքաղաք Վաղարշապատում: Ըստ պատմիչի կաթողիկոսը Մայր տաճարը  կառուցելու համար ընտրել է տեսիլքում հրեշտակի ցույց տված  ոսկե խարսխի վրա հառնող հրեղեն սյան վրա պատկերված լուսե խաչի տեղը: Հայոց հայրապետը նախ պարսպապատել է վայրը, ապա կառուցել նոր հավատի խորհրդանիշը:  13-րդ դարից տեսիլքին վերագրվել է այլ բովանդակություն: Համաձայն որի, Աստծո միածին որդին լուսեղեն կերպարանքով իջել և ձեռքի ոսկե մուրճով գետնին զարկելով, նշադրել է տաճարի  կառուցման վայրը:  Այստեղից է առաջացել Էջմիածին անունը: Համաձայն Լուսավորչի տեսիլքի, Մայր տաճարի ներսում` ուղիղ գմբեթի տակ, հիմնադրվել է իջման սուրբ սեղանը: 

 Ըստ ազգային ավանդության համաշխարհային ջրհեղեղից հետո Նոյ Նահապետ այստեղ է սեղան կանգնեցրել ու գոհունակության պատարագ մատուցել: Հետագայում նույն տեղում կառուցվել է մեհյան: 

1950-ական թթ պեղումների արդյունքում բացվել են  4-րդ դարի գմբեթակիր մույթերի խաչակիր խարիսխները` ավագ խորանի տակ Վանի թագավորության ժամանակների կոթող և նախնական խորանը` կենտրոնում թոնրաձև կրակարանով:

Գրիգոր Առաջին կաթողիկոսն այստեղ է հաստատել կաթողիկոսարանը, հիմնել օժանդակ շինություններ, հոգևոր դպրոցը` եկեղեցու սպասավորներ պատրաստելու համար: 360-ական թթ Պարսից Շապուհ 2-րդ արքան ներխուժել է Հայաստան ու ըստ պատմիչ Փավստոս Բուզանդի ավերել բոլոր շինությունները: Պարսկական արշավանքից հետո Հայաստանի առաջին վանքերը վերանորոգել են Ներսես Մեծը և Սահակ Պարթևը: 454թ  հայոց կաթողիկոսությունը Դվին տեղափոխելուց հետո էլ Էջմիածինը մնաց հայ եկեղեցու սրբագույն կենտրոն: 

Ղազար Փարպեցու վկայությամբ   իշխան Վահան Մամիկոնյանը 483-484թթ հիմնովին վերանորոգել է Մայր տաճարը, որից հետո կառույցը ստացել է իր հատակագծային ներկայիս  տեսքը:

13-րդ դարում  Ստեփանոս արքեպիսկոպոս Օրբելյանը առաջին անգամ կիրառել է Էջմիածին անունը Մայր տաճարի համար: 1431թ իշխան Ռուստամ Օրբելյանը Էջմիածնի Մայր տաճարին 7 գյուղ է նվիրաբերել` տնտեսական հիմք ստեղծելով հայոց կաթողիկոսությունը 1441 թ Վաղարշապատում վերահաստատելու համար:

17-րդ դարում պարսից  Շահ  Աբաս արքան որոշել է հիմնովին քանդել Մայր տաճարը, քարերը տեղափոխել Պարսկաստան ու այնտեղ վերակառուցել` Պարսկաստան տեղափոխված հայերին իրենց նոր բնակավայրին հիմնովին կապելու համար: Բայց ծրագիրը ամբողջությամբ չի իրականացվել` շնորհիվ նրա, որ անհնար էր տեղափոխել բոլոր քարերը: Հետագայում որոշվել է տեղափոխել միայն հանգուցային քարերը, պատարագի սուրբ սեղանը, Քրիստոսի իջման տեղի քարը, մկրտության ավազանը, ինչպես նաև Լուսավորչի աջը: Ըստ պատմիչ Առաքել Դավրիժեցու այդ տեղափոխումների արդյունքում 17-րդ դարում տաճարը  կանգնած էր ավերման եզրին: 

Մովսես 3-րդ Տաթևացի կաթողիկոսը հիմնովին նորոգել է տաճարը: Նոր գմբեթի թմբուկին մեդալյոնների տեսքով պատկերվել են առաքյալների դիմապատկերները:  Փիլիպոս Աղբակեցի կաթողիկոսը վերակառուցել է 1635-36թթ թուրք-պարսկական պատերազմի ժամանակ ավերված Էջմիածնի կաթողիկոսարանի շենքը, իսկ 1654թ Պոլսեցի մեծահարուստ Անտոն Չելեպինի մեկենասությամբ մեկնարկել է տաճարի արևմտյան ճակատին կից զանգակատան շինարարությունը, որն ավարտվել է 4 տարի անց Հակոբ 4-րդ Ջուղայեցի կաթողիկոսի օրոք: Զանգակատան արևմտյան ճակատին քանդակված է Քրիստոսի, հարավայինին` Գրիգոր Առաջին Լուսավորչի, հյուսիսայինում` Տրդատ 3-րդ թագավորի պատկերները: Զանգակատան որմնանկարները 1664թ կատարել է Զաքարե ոսկերիչը: 1720թ Աստվածատուր Համադանցի կաթողիկոսի պատվերով  Էջմիածնի Մայր տաճարի գմբեթը, ավագ խորանը, թաղերն ու կամարները բազմերանգ և ոսկեզօծ նկարներով է պատել նշանավոր տաղերգու և նկարիչ Նաղաշ Հովնաթանը: Արժեքավոր են  տաճարի պատերին Նաղաշ Հովնաթանի արած դիմանկարները և թեմատիկ պատկերները:

Կարապետ Երկրորդ Ուլնեցի կաթողիկոսը ավագ խորանի դիմապատին նկարել է տվել 12 առաքյալների դիմանկարները, կենտրոնում` մանուկ Հիսուսին գրկած Սուրբ Աստվածածնին, իսկ եզրերում` Սուրբ Ստեփանոս և Սուրբ Փիլիպոս  սարկավագներին: Ղազար Առաջին Ջահկեցի կաթողիկոսի ջանքերով կառուցվել են  Ղազարապատ հյուրանոցը և հին վեհարանը: Այն տարածքի ամենահին շինություններից մեկն է և այսօր վերածվել է թանգարանի: Շենքը կառուցվել է 1741թ.: Ղազար Ջահկեցին Էջմիածին է հրավիրել Նաղաշ Հովնաթանի` Հակոբ և Հարություն որդիներին, որոնք նկարազարդել են տաճարն ու վեհարանը:  Շենքի վերջին վերանորոգության ժամանակ նկուղային հարկում բացվել են հնոցի և արտադրամասի  մնացորդներ, որոնք թանգարանացվել են: Ղազար Ջահկեցին և նրան հաջորդած բոլոր կաթողիկոսները այստեղ են բնակվել:

Այս շենքի հարևանությամբ է գտնվում Ղազարապատը, որտեղ 2010-ականներին բացվել է Ռուբեն Սևակի թանգարանը, որտեղ պահվում են եղեռնազոհ բանաստեղծի անձնական իրերը, արժեքավոր նկարների հավաքածուն, այդ թվում Այվազովսկու մեծադիր կտավներից մեկը: 

1766թ Սիմեոն Երևանցի կաթողիկոսը Էջմիածնի մայր տաճարը պարսպապատել է երկրորդ շարքով, վերանորոգել է տաճարի տանիքը և հնդկահայ բարերար Գրիգոր Խոջաջանյանի միջոցներով Մայր Աթոռում հիմնել արևելյան Հայաստանում առաջին տպարանը տպարանը (1771թ.):

  Պատմությունը վկայում է, որ Մայր Աթոռի շուրջ տարբեր կառույցներ սկսել են կառուցել հատկապես 17-րդ դարից հետո, երբ հարաբերական խաղաղություն է տիրել: 17-րդ դարից սկսած, իրար հաջորդող 26 կաթողիկոսներ նորոգել ու ամրացրել են Մայր Աթոռն ու նրա շուրջ գտնվող շինությունները, կառուցել նորերը: Կաթողիկոսների ջանքերով հենց Մայր Աթոռի տարածում են հիմնվել առաջին տպարանը (1771թ.), Հայաստանի ամենահին բարձրագույ ուսումնական հաստատությունը (1874թ), ամենահին թանգարանը (1868թ): Դրանք նույն նպատակին ծառայում են առ այսօր: Մայր Աթոռի տարածքում մի քանի տասնյակ շինություններ կան: Սա այն եզակի տարածքներից է, որտեղ կողք-կողքի գոյատևում են տարբեր դարերի պատկանող ճարտարապետական վեհաշուք կոթողներ: 

1874թ  բացվել է հոգևոր բարձրագույն դպրոցը` Գևորգյան ճեմարանը:

Մայր Աթոռի տարածքում է գտնվում 1892թ կառուցված Երեմյան Խցեր կոչվող շինությունը, որն աչքի է ընկնում իր  յուրահատուկ հորինվածքով:  Այստեղ ապրել են միաբանները: Այժմ միաբաններն այլ կացարանում են ապրում, իսկ Երեմյան Խցերը հիմնանորոգվել են` ամբողջությամբ պահպանելով ճարտարապետական հորինվածքը: 

1897թ. ` Խրիմյան Հայրիկ կաթողիկոսի գործունեության տարիներին է կառուցվել Գևորգ Չորեքչյան Էկումենիկ կենտրոն կոչվող շենքը: 

 Կաթողիկոսական վեհարանի շենքը կառուցվել է Մատթեոս Իզմիրլյան կաթողիկոսի նախաձեռնությամբ 1910թ.: Այստեղ ապրել են եղեռնից փրկված գաղթականները, իսկ խորհրդային տարիներին ծառայել է բանակի կարիքներին:  

Մինչև 19-րդ դարը այստեղ եղել է երեք կրթական հաստատություն, որոնք հիմնականում հոգևոր ուղղվածության էին և կոչված էին բավարարելու ներքին կարիքները, իսկ 2011-2016թթ կառուցվել է ևս 6 կրթական հաստատություն, որոնք ծառայում են նաև  հանրության լայն զանգվածներին: Այսպիսով կրթական հաստատությունների առկայությունը Մայր Աթոռում դարձել է տիրապետող, որոնք կազմել են ընդհանուր շինությունների 1/3-րդը:

2016թ կառուցվել է Էօրնեկյան վարժարանի նոր մասնաշենքը: 2012թ է կառուցվել  Մայր  Աթոռի մատենադարանը: Այն ունի շուրջ 80000 միավոր գրականություն: Այստեղ է պահվում նաև հայերեն առաջին տպագիր Աստվածաշունչը: Այստեղ հնատիպ գրքերի ընթերցասրահ կա` 515 հնատիպ գրքերով: Մատենադարանը ծառայում է ինչպես հայ, այնպես էլ օտարերկրացի ուսումնասիրողներին: Կրթական այս եռանկյունու մյուս կողմում էլ Գարեգին Առաջին կրթական կենտրոնն է, որը կառուցվել է 2016թ: Նախագիծը կյանքի է կոչվել իրականացնելու համար Գարեգին Առաջինի վաղեմի երազանքը: Այժմ նախագծային փուլում է Թումո կենտրոնի կառուցումը: Մայր Աթոռի տարածքում է նաև Էջմիածնի Հայորդաց տունը, որը հիմնովին նորոգվել է 2005թ: 

Վազգեն Առաջին կաթողիկոսի օրոք լուրջ ուշադրություն է դարձվել տաճարի ուսումնասիրությանը, պահպանությանն ու բարեզարդմանը: Այդ նպատակով միջոցներ է տրամադրել Գալուստ Կյուլպեկյան հիմնադրամը: Վազգեն  Առաջին կաթողիկոսը, հաշվի առնելով իջման սուրբ սեղանի անհարմարությունը, մայր տաճարի ներսում  այդ կառույցը փոխարինել է ծավալով ավելի փոքր և գեղեցիկ մարմարակերտ սուրբ սեղանով: Նոր` Աստվածածնի պատկերով իջման սուրբ սեղանի հեղինակը ճարտարապետ Ռաֆայել Իսրայելյանն է, նկարիչը` Գրիգոր Խանջյանը: Պատրաստվել է մկրտության ավազանը: Նորոգվել և բարեկագրվել է տաճարին կից թանգարանը:

Մայր Աթոռի հյուսիս-արևմտյան կողմում են տեղակայված թանգարանները, որոնք ոչ ֆորմալ կրթական միջավայր են և ունեն հսկայական նշանակություն հայ հոգևոր-մշակութային կյանքում: 

2007-2008թթ հիմնովին նորոգվել է նաև Խրիմյան թանգարանը: Այն կառուցե է Խրիմյան Հայրիկը 1886թ: Խորհրդային տարիներին այս շենքը վերածվել էր տնտեսական պահեստի ու հիմնովին քայքայվել, նորոգումից հետո այն դարձել է թանգարան, ուր  կտակի համաձայն հանգրվանելու են նաև աշխարհահռչակ նկարիչ Արշիլ Գորկու կտավները:

 

Մինչև 2000-ական թթ Մայր տաճարը հոգևոր կենտրոնի միակ ծիսական կառույցն էր: 2001-2017թթ Մայր տաճարի շուրջ կառուցվել են ևս հինգ ծիսական կառույցներ: Սուրբ Տրդատ բաց խորանում տեղի ունեցավ եղեռնի զոհերի սրբադասման արարողությունը, այստեղ է յոթ տարին մեկ օրհնվում սուրբ Մյուռոնը: 2008թ է կառուցվել Սուրբ Վարդան Սուրբ Հովհաննես մկրտարանը: 2011թ  է կառուցվել  Սրբոց Հրեշտակապետաց մատուռը, որտեղ արարողություններն իրականացնում են Գևորգյան հոգևոր ճեմարանի սաները: