Մայր տաճարը ամենայն հայոց կաթողիկոսության կենտրոնն է: Ագաթանգեղոսի վկայությամբ կառուցել է Գրիգոր Լուսավորիչը Տրդատ թագավորի օժանդակությամբ 302-303թթ., մայրաքաղաք Վաղարշապատում: Ըստ պատմիչի կաթողիկոսը Մայր տաճարը կառուցելու համար ընտրել է տեսիլքում հրեշտակի ցույց տված ոսկե խարսխի վրա հառնող հրեղեն սյան վրա պատկերված լուսե խաչի տեղը: Հայոց հայրապետը նախ պարսպապատել է վայրը, ապա կառուցել նոր հավատի խորհրդանիշը: 13-րդ դարից տեսիլքին վերագրվել է այլ բովանդակություն: Համաձայն որի, Աստծո միածին որդին լուսեղեն կերպարանքով իջել և ձեռքի ոսկե մուրճով գետնին զարկելով, նշադրել է տաճարի կառուցման վայրը: Այստեղից է առաջացել Էջմիածին անունը: Համաձայն Լուսավորչի տեսիլքի, Մայր տաճարի ներսում` ուղիղ գմբեթի տակ, հիմնադրվել է իջման սուրբ սեղանը:
Ըստ ազգային ավանդության համաշխարհային ջրհեղեղից հետո Նոյ Նահապետ այստեղ է սեղան կանգնեցրել ու գոհունակության պատարագ մատուցել: Հետագայում նույն տեղում կառուցվել է մեհյան:
1950-ական թթ պեղումների արդյունքում բացվել են 4-րդ դարի գմբեթակիր մույթերի խաչակիր խարիսխները` ավագ խորանի տակ Վանի թագավորության ժամանակների կոթող և նախնական խորանը` կենտրոնում թոնրաձև կրակարանով:
Գրիգոր Առաջին կաթողիկոսն այստեղ է հաստատել կաթողիկոսարանը, հիմնել օժանդակ շինություններ, հոգևոր դպրոցը` եկեղեցու սպասավորներ պատրաստելու համար: 360-ական թթ Պարսից Շապուհ 2-րդ արքան ներխուժել է Հայաստան ու ըստ պատմիչ Փավստոս Բուզանդի ավերել բոլոր շինությունները: Պարսկական արշավանքից հետո Հայաստանի առաջին վանքերը վերանորոգել են Ներսես Մեծը և Սահակ Պարթևը: 454թ հայոց կաթողիկոսությունը Դվին տեղափոխելուց հետո էլ Էջմիածինը մնաց հայ եկեղեցու սրբագույն կենտրոն:
Ղազար Փարպեցու վկայությամբ իշխան Վահան Մամիկոնյանը 483-484թթ հիմնովին վերանորոգել է Մայր տաճարը, որից հետո կառույցը ստացել է իր հատակագծային ներկայիս տեսքը:
13-րդ դարում Ստեփանոս արքեպիսկոպոս Օրբելյանը առաջին անգամ կիրառել է Էջմիածին անունը Մայր տաճարի համար: 1431թ իշխան Ռուստամ Օրբելյանը Էջմիածնի Մայր տաճարին 7 գյուղ է նվիրաբերել` տնտեսական հիմք ստեղծելով հայոց կաթողիկոսությունը 1441 թ Վաղարշապատում վերահաստատելու համար:
17-րդ դարում պարսից Շահ Աբաս արքան որոշել է հիմնովին քանդել Մայր տաճարը, քարերը տեղափոխել Պարսկաստան ու այնտեղ վերակառուցել` Պարսկաստան տեղափոխված հայերին իրենց նոր բնակավայրին հիմնովին կապելու համար: Բայց ծրագիրը ամբողջությամբ չի իրականացվել` շնորհիվ նրա, որ անհնար էր տեղափոխել բոլոր քարերը: Հետագայում որոշվել է տեղափոխել միայն հանգուցային քարերը, պատարագի սուրբ սեղանը, Քրիստոսի իջման տեղի քարը, մկրտության ավազանը, ինչպես նաև Լուսավորչի աջը: Ըստ պատմիչ Առաքել Դավրիժեցու այդ տեղափոխումների արդյունքում 17-րդ դարում տաճարը կանգնած էր ավերման եզրին:
Մովսես 3-րդ Տաթևացի կաթողիկոսը հիմնովին նորոգել է տաճարը: Նոր գմբեթի թմբուկին մեդալյոնների տեսքով պատկերվել են առաքյալների դիմապատկերները: Փիլիպոս Աղբակեցի կաթողիկոսը վերակառուցել է 1635-36թթ թուրք-պարսկական պատերազմի ժամանակ ավերված Էջմիածնի կաթողիկոսարանի շենքը, իսկ 1654թ Պոլսեցի մեծահարուստ Անտոն Չելեպինի մեկենասությամբ մեկնարկել է տաճարի արևմտյան ճակատին կից զանգակատան շինարարությունը, որն ավարտվել է 4 տարի անց Հակոբ 4-րդ Ջուղայեցի կաթողիկոսի օրոք: Զանգակատան արևմտյան ճակատին քանդակված է Քրիստոսի, հարավայինին` Գրիգոր Առաջին Լուսավորչի, հյուսիսայինում` Տրդատ 3-րդ թագավորի պատկերները: Զանգակատան որմնանկարները 1664թ կատարել է Զաքարե ոսկերիչը: 1720թ Աստվածատուր Համադանցի կաթողիկոսի պատվերով Էջմիածնի Մայր տաճարի գմբեթը, ավագ խորանը, թաղերն ու կամարները բազմերանգ և ոսկեզօծ նկարներով է պատել նշանավոր տաղերգու և նկարիչ Նաղաշ Հովնաթանը: Արժեքավոր են տաճարի պատերին Նաղաշ Հովնաթանի արած դիմանկարները և թեմատիկ պատկերները:
Կարապետ Երկրորդ Ուլնեցի կաթողիկոսը ավագ խորանի դիմապատին նկարել է տվել 12 առաքյալների դիմանկարները, կենտրոնում` մանուկ Հիսուսին գրկած Սուրբ Աստվածածնին, իսկ եզրերում` Սուրբ Ստեփանոս և Սուրբ Փիլիպոս սարկավագներին: Ղազար Առաջին Ջահկեցի կաթողիկոսի ջանքերով կառուցվել են Ղազարապատ հյուրանոցը և հին վեհարանը: Այն տարածքի ամենահին շինություններից մեկն է և այսօր վերածվել է թանգարանի: Շենքը կառուցվել է 1741թ.: Ղազար Ջահկեցին Էջմիածին է հրավիրել Նաղաշ Հովնաթանի` Հակոբ և Հարություն որդիներին, որոնք նկարազարդել են տաճարն ու վեհարանը: Շենքի վերջին վերանորոգության ժամանակ նկուղային հարկում բացվել են հնոցի և արտադրամասի մնացորդներ, որոնք թանգարանացվել են: Ղազար Ջահկեցին և նրան հաջորդած բոլոր կաթողիկոսները այստեղ են բնակվել:
Այս շենքի հարևանությամբ է գտնվում Ղազարապատը, որտեղ 2010-ականներին բացվել է Ռուբեն Սևակի թանգարանը, որտեղ պահվում են եղեռնազոհ բանաստեղծի անձնական իրերը, արժեքավոր նկարների հավաքածուն, այդ թվում Այվազովսկու մեծադիր կտավներից մեկը:
1766թ Սիմեոն Երևանցի կաթողիկոսը Էջմիածնի մայր տաճարը պարսպապատել է երկրորդ շարքով, վերանորոգել է տաճարի տանիքը և հնդկահայ բարերար Գրիգոր Խոջաջանյանի միջոցներով Մայր Աթոռում հիմնել արևելյան Հայաստանում առաջին տպարանը տպարանը (1771թ.):
Պատմությունը վկայում է, որ Մայր Աթոռի շուրջ տարբեր կառույցներ սկսել են կառուցել հատկապես 17-րդ դարից հետո, երբ հարաբերական խաղաղություն է տիրել: 17-րդ դարից սկսած, իրար հաջորդող 26 կաթողիկոսներ նորոգել ու ամրացրել են Մայր Աթոռն ու նրա շուրջ գտնվող շինությունները, կառուցել նորերը: Կաթողիկոսների ջանքերով հենց Մայր Աթոռի տարածում են հիմնվել առաջին տպարանը (1771թ.), Հայաստանի ամենահին բարձրագույ ուսումնական հաստատությունը (1874թ), ամենահին թանգարանը (1868թ): Դրանք նույն նպատակին ծառայում են առ այսօր: Մայր Աթոռի տարածքում մի քանի տասնյակ շինություններ կան: Սա այն եզակի տարածքներից է, որտեղ կողք-կողքի գոյատևում են տարբեր դարերի պատկանող ճարտարապետական վեհաշուք կոթողներ:
1874թ բացվել է հոգևոր բարձրագույն դպրոցը` Գևորգյան ճեմարանը:
Մայր Աթոռի տարածքում է գտնվում 1892թ կառուցված Երեմյան Խցեր կոչվող շինությունը, որն աչքի է ընկնում իր յուրահատուկ հորինվածքով: Այստեղ ապրել են միաբանները: Այժմ միաբաններն այլ կացարանում են ապրում, իսկ Երեմյան Խցերը հիմնանորոգվել են` ամբողջությամբ պահպանելով ճարտարապետական հորինվածքը:
1897թ. ` Խրիմյան Հայրիկ կաթողիկոսի գործունեության տարիներին է կառուցվել Գևորգ Չորեքչյան Էկումենիկ կենտրոն կոչվող շենքը:
Կաթողիկոսական վեհարանի շենքը կառուցվել է Մատթեոս Իզմիրլյան կաթողիկոսի նախաձեռնությամբ 1910թ.: Այստեղ ապրել են եղեռնից փրկված գաղթականները, իսկ խորհրդային տարիներին ծառայել է բանակի կարիքներին:
Մինչև 19-րդ դարը այստեղ եղել է երեք կրթական հաստատություն, որոնք հիմնականում հոգևոր ուղղվածության էին և կոչված էին բավարարելու ներքին կարիքները, իսկ 2011-2016թթ կառուցվել է ևս 6 կրթական հաստատություն, որոնք ծառայում են նաև հանրության լայն զանգվածներին: Այսպիսով կրթական հաստատությունների առկայությունը Մայր Աթոռում դարձել է տիրապետող, որոնք կազմել են ընդհանուր շինությունների 1/3-րդը:
2016թ կառուցվել է Էօրնեկյան վարժարանի նոր մասնաշենքը: 2012թ է կառուցվել Մայր Աթոռի մատենադարանը: Այն ունի շուրջ 80000 միավոր գրականություն: Այստեղ է պահվում նաև հայերեն առաջին տպագիր Աստվածաշունչը: Այստեղ հնատիպ գրքերի ընթերցասրահ կա` 515 հնատիպ գրքերով: Մատենադարանը ծառայում է ինչպես հայ, այնպես էլ օտարերկրացի ուսումնասիրողներին: Կրթական այս եռանկյունու մյուս կողմում էլ Գարեգին Առաջին կրթական կենտրոնն է, որը կառուցվել է 2016թ: Նախագիծը կյանքի է կոչվել իրականացնելու համար Գարեգին Առաջինի վաղեմի երազանքը: Այժմ նախագծային փուլում է Թումո կենտրոնի կառուցումը: Մայր Աթոռի տարածքում է նաև Էջմիածնի Հայորդաց տունը, որը հիմնովին նորոգվել է 2005թ:
Վազգեն Առաջին կաթողիկոսի օրոք լուրջ ուշադրություն է դարձվել տաճարի ուսումնասիրությանը, պահպանությանն ու բարեզարդմանը: Այդ նպատակով միջոցներ է տրամադրել Գալուստ Կյուլպեկյան հիմնադրամը: Վազգեն Առաջին կաթողիկոսը, հաշվի առնելով իջման սուրբ սեղանի անհարմարությունը, մայր տաճարի ներսում այդ կառույցը փոխարինել է ծավալով ավելի փոքր և գեղեցիկ մարմարակերտ սուրբ սեղանով: Նոր` Աստվածածնի պատկերով իջման սուրբ սեղանի հեղինակը ճարտարապետ Ռաֆայել Իսրայելյանն է, նկարիչը` Գրիգոր Խանջյանը: Պատրաստվել է մկրտության ավազանը: Նորոգվել և բարեկագրվել է տաճարին կից թանգարանը:
Մայր Աթոռի հյուսիս-արևմտյան կողմում են տեղակայված թանգարանները, որոնք ոչ ֆորմալ կրթական միջավայր են և ունեն հսկայական նշանակություն հայ հոգևոր-մշակութային կյանքում:
2007-2008թթ հիմնովին նորոգվել է նաև Խրիմյան թանգարանը: Այն կառուցե է Խրիմյան Հայրիկը 1886թ: Խորհրդային տարիներին այս շենքը վերածվել էր տնտեսական պահեստի ու հիմնովին քայքայվել, նորոգումից հետո այն դարձել է թանգարան, ուր կտակի համաձայն հանգրվանելու են նաև աշխարհահռչակ նկարիչ Արշիլ Գորկու կտավները:
Մինչև 2000-ական թթ Մայր տաճարը հոգևոր կենտրոնի միակ ծիսական կառույցն էր: 2001-2017թթ Մայր տաճարի շուրջ կառուցվել են ևս հինգ ծիսական կառույցներ: Սուրբ Տրդատ բաց խորանում տեղի ունեցավ եղեռնի զոհերի սրբադասման արարողությունը, այստեղ է յոթ տարին մեկ օրհնվում սուրբ Մյուռոնը: 2008թ է կառուցվել Սուրբ Վարդան Սուրբ Հովհաննես մկրտարանը: 2011թ է կառուցվել Սրբոց Հրեշտակապետաց մատուռը, որտեղ արարողություններն իրականացնում են Գևորգյան հոգևոր ճեմարանի սաները: